Вопросы, Вопросы, Вопросы...

Metalex, мне бы твои проблемы 

Каждый сам создаёт свои проблемы.

Metalex, так ведь и я о том же 

Ты того... Не отпугивай людей от темы.
Мне действительно такая прога нужна.

Metalex, ты такой забавный 

3 месяца назад мне п-ц как надо было проехать из Торгая в Ыргыз (надеюсь, ты извинишь меня за сокращение, ведь мы несколько публичные персонажи в обще доступной сети, а посему должны держать себя хотя бы несколько, опять же, в руках  ) - но поскольку не вышло, я продолжил упорствовать, а также вредничать и топать ногами, до тех пор пока судьба и персонально Хан Абулхаир не настучали мне по бестолковой никчемной голове 

не стоит обострять действительность, ибо по холистике все придет само, - а если не придет - так и не нужно было совсем 

Metalex, а в чем именно проблема?
По-моему, при выключении оборудования что Винда, что Линукс закрывает все открытые дескрипторы файлов, это, в принципе, тоже самое, что и безопасное извлечение.
Другое дело, если ты не выключаешь комп, а переходишь в режим гибернации, тут да, можешь получить проблемы, и не только с подключенными USB устройствами, когда-нибудь ты просто не сможешь загрузить операционку, с чем регулярно сталкиваюсь, тут уже без помощи специалиста не обойтись.
Может, разумнее, отключить гибернацию, что добавит десяток секунд к загрузке системы, зато исключишь вариант получения "кирпича" из компа.

Гибернацией не пользуюсь.
Но проблемы с получением RAW вместо данных на внешнем HDD получал в случаях некорректного выхода.
Выключаешь Win, а внешний в крэдле ещё что-то стрекочет про себя, бац! - RAW...
Если же предварительно безопасно крэдл остановишь и извлечешь - с внешним HDD всё ОК.
Вот и хотелось бы автоматизировать процесс.
Насчёт дескрипторов не знаю, но сразу предупреждаю, Винда у меня крякнутая, так что,  возможно, работает при отключении не так как должна.

Крякнутость винды ни на что не влияет.
Внешний диск 3,5" со своим питанием?

С крэдлом какие-нибудь утилиты были?

Системник или ноутбук?

Внешний 3,5 со своим питанием. Крэдл AgeStar без утилит. Системник Desktop.

Ясно.
Похоже на то, что мать оставляет питание на портах после отключения, а так как у диска питание свое внешнее контроллер думает, что диск не отключен и не паркует головки.
Ты Safely Remove пробовал? В принципе, при завершении винды она завершается тоже и должна снимать питание с портов.
Хотя, хз
Диск не на USB3 подключен. Если "да" - попробуй переключить на USB2 и отключить в БИОСЕ USB Legacy Support.
А вообще, попробуй Safely Remove.

Я сейчас и пользуюсь Safely Remove. Прога хорошая, сообщает, какой процесс держит устройство. Убил процесс - освободил дивайс.
Но это надо делать до момента завершения работы.
Но я посмотрю поподробней у неё в параметрах. Может, она действительно во время включения компа производит остановку...
Спасибо за совет.

Metalex, ты такой забавный 

3 месяца назад мне п-ц как надо было проехать из Торгая в Ыргыз (надеюсь, ты извинишь меня за сокращение, ведь мы несколько публичные персонажи в обще доступной сети, а посему должны держать себя хотя бы несколько, опять же, в руках  ) - но поскольку не вышло, я продолжил упорствовать, а также вредничать и топать ногами, до тех пор пока судьба и персонально Хан Абулхаир не настучали мне по бестолковой никчемной голове 

не стоит обострять действительность, ибо по холистике все придет само, - а если не придет - так и не нужно было совсем 

Все толково, все по теме.

Metalex, а вообще, если диск часто отваливается, я думаю, лучше останавливать вручную, так, всё-таки, надежнее

Похоже на то, что мать оставляет питание на портах после отключения

На стареньком ноуте заметил такую проблему. Раньше с выходом из винды и отключением питание с usb снималось, точно помню. Сейчас нет. А сам ноут стал наглухо виснуть (последнее время всё чаще и чаще) с омерзительным звуком "трррр". 
Северный мост в разнос пошел? 

Почисть от пыли, смени пасту на проце и резину на мосте под радиатором 

лучше останавливать вручную, так, всё-таки, надежнее

Это да.